水体污染控制与治理科技重大专项（以下简称水专项）是为实现中国经济社会又好又快发展，调整经济结构，转变经济增长方式，缓解我国能源、资源和环境的瓶颈制约，根据《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020年）》设立的十六个重大科技专项之一，旨在为中国水体污染控制与治理提供强有力的科技支撑，为中国"十一五"期间主要污染物排放总量，化学需氧量减少10％的约束性指标的实现提供科技支撑。
根据《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020年）》要求，按照"自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来"的环境科技指导方针，水专项从理论创新、体制创新、机制创新和集成创新出发，立足中国水污染控制和治理关键科技问题的解决与突破，遵循集中力量解决主要矛盾的原则，选择典型流域开展水污染控制与水环境保护的综合示范。针对解决制约我国社会经济发展的重大水污染科技瓶颈问题，重点突破工业污染源控制与治理、农业面源污染控制与治理、城市污水处理与资源化、水体水质净化与生态修复、饮用水安全保障以及水环境监控预警与管理等水污染控制与治理等关键技术和共性技术。将通过湖泊富营养化控制与治理技术综合示范、河流水污染控制综合整治技术示范、城市水污染控制与水环境综合整治技术示范、饮用水安全保障技术综合示范、流域水环境监控预警技术与综合管理示范、水环境管理与政策研究及示范，实现示范区域水环境质量改善和饮用水安全的目标，有效提高我国流域水污染防治和管理技术水平。
水专项精心设计，循序渐进，将分三个阶段进行组织实施，第一阶段目标主要突破水体"控源减排"关键技术，第二阶段目标主要突破水体"减负修复"关键技术，第三阶段目标主要是突破流域水环境"综合调控"成套关键技术。水专项是建国以来投资最大的水污染治理科技项目，总经费概算三百多亿元。
目前水专项目已顺利通过国务院常务会议审议，进入全面启动实施阶段。在国务院的领导下，国家科教领导小组协调指导下，水专项领导小组将充分发挥牵头组织部门国家环境保护总局和住房和城乡建设部的作用，充分发挥领导小组成员单位的行政资源，发挥地方政府的责任主体作用，精心组织，合力推进，共同做好水专项。
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